La Junta de Gobierno fue instalada en septiembre de 2003 con la presencia del Presidente de la República, licenciado Vicente Fox Quesada. En dicha sesión se dio a conocer la designación del Secretario de Gobernación como presidente del Órgano de Gobierno. En noviembre de 2007 se renovó la Presidencia de la Junta de Gobierno designándose al Secretario de Desarrollo Social.