• Dirección General de Investigación del Desarrollo de las Culturas de los Pueblos Indígenas
• Dirección General de Estrategia y Planeación
• Dirección General de Evaluación y Control
• Dirección de Información e Indicadores
• Dirección de Participación y Consulta Indígena

• Dirección General de Enlace con la Administración Pública
• Dirección General de Infraestructura Básica
• Coordinación General de Delegaciones
• Dirección de Concertación Social y Atención Ciudadana
• Dirección de Comunicación Intercultural

• Dirección de Recursos Humanos y Organización
• Dirección de Programación y Presupuesto
• Dirección de Recursos Materiales y Servicio Generales

• Dirección de Operación de Programas Especiales
• Dirección de Fortalecimiento de Capacidades de los Indígenas
• Dirección de Fondos Regionales Indígenas
• Dirección de Albergues Escolares Indígenas
• Dirección de Promoción de Convenios en Materia de Justicia y Excarcelación de Presos
• Dirección de Fomento y Desarrollo de las Culturas Indígenas
• Dirección de Organización Productiva para las Mujeres Indígenas

• Dirección de Asesoría y Consulta
• Dirección de Asuntos Contenciosos

• Dirección de Servicios de Informática y Telecomunicaciones

ORGANO INTERNO DE CONTROL

• Área de Auditoria Interna
• Área de Auditoría de Control y Evaluación
• Área de Quejas y Responsabilidades